Радянський період
Історія футбольного клубу «Зоря» бере свій початок ще в 1923 році, коли в Луганську була заснована команда під назвою «Металіст». У 1937 році команда була перейменована в «Дзержинець», потім носила назви «Динамо» (з 1944 року), а в 1948-му відбулося об'єднання з ще однією луганською командою «Трудові резерви».
Потім було ще й перейменування в «Авангард», поки в 1964 році нарешті не прижилася назву «Зоря». У 1967-1979 роках «Зоря» виступала у Вищій лізі СРСР. Прописавшись у вищому дивізіоні в 1967-му, «Зоря» впевнено просувалася вгору, і в 1972 році стала чемпіоном СРСР.
У 1974-1975 роках «Зоря» двічі доходила до фіналу розіграшу Кубка СРСР. І обидва рази поступилася: в фіналі 1974 року київському «Динамо» в додатковий час, а рік по тому програла «Арарату» з рахунком 1:2.
Після незалежності України
Після розпаду Радянського Союзу «Зоря» опинилася в еліті українського футболу і в 1992 році клуб почав свої виступи у Вищій Лізі України. У 1996 році луганчани посіли останнє місце і вилетіли до Першої ліги, а через два роки і зовсім виявилися у Другій.
Виплисти з дна «Зорі» вдалося лише в 2006 році, після перемоги в Першій лізі луганчани повернулися до елітного дивізіону. За високі місця клуб перші роки не боровся, але з року в рік зберігав прописку. Все змінилося в кращу сторону після приходу на пост головного тренера Юрія Вернидуба.
Переїзд в Запоріжжя
У сезоні 2014/15 через війну на Донбасі клуб був змушений покинути Луганськ. З 2014 року «Зоря» базується і грає домашні матчі Прем'єр-ліги в Запоріжжі на Славутич-Арені.
У 2016 році «Зоря» дебютувала в груповому етапі Лізі Європи, перед тим два сезони поспіль клуб завершував єврокубкову кампанію на стадії «плей-офф» кваліфайна. Завершився сезон 2016/17 головним досягненням в епоху незалежної України - третім місцем в Прем'єр-лізі.
Прихід Скрипника
Після сезону 2018/19 Юрій Вернидуб був відправлений у відставку з поста наставника, його місце на тренерському містку зайняв Віктор Скрипник. Клуб продовжив прогресувати і в сезоні 2019/20, який призупинений у зв'язку з пандемією коронавірусу, претендує на срібні медалі і вихід в кваліфікацію Ліги чемпіонів.